Inspektor Bun gilt bei seinen Kollegen nicht umsonst als der verrückte Kommissar, denn Bun ermittelt, in dem er z.B. mit Geistern kommuniziert oder sich quasi nachermorden lässt. Vor ein paar Jahren hat man ihn endgültig gefeuert, doch weil er seine Fälle rätselhafterweise stets löste, suchen seine Kollegen nun eben privat seinen Rat. Als ein Cop im Dienst spurlos verschwindet, verdächtigt Bun dessen Partner. Die Theorie ist unpopulär, allein ein Grünschnabel glaubt ihm. Der Verdächtige droht sich zu rächen, doch Bun sieht Dämonen und will es wissen.
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Detektiv Conan erzählt in lose zusammenhängenden Kurzgeschichten die Abenteuer des jungen Oberschülers und erfolgreichen Hobbydetektivs Shin’ichi Kudō, der nach dem Lösen eines Mordfalls im Freizeitpark Tropical Land von zwei verdächtigen Männern in Schwarz hinterrücks niedergeschlagen wird. Sie verabreichen ihm heimtückisch eine Kapsel mit dem mysteriösen Zellgift Apoptoxin 4869, das ihn töten soll. Stattdessen überlebt Shin’ichi und sein Körper verjüngt sich überraschend um etwa zehn Jahre. Seiner Größe und Kraft, nicht jedoch seiner Intelligenz, beraubt, wendet sich der geschrumpfte Shin’ichi an seinen Nachbarn, den Erfinder Professor Hiroshi Agasa, der ihm in schwierigen Zeiten hilfreich zur Seite steht und ihn im Laufe der Zeit mit technischen Spielereien versorgt, wie dem Narkosechronometer, den Power-Kick-Boots, einem Skateboard mit Solarbetrieb, oder dem als Fliege getarnten Stimmentransposer, mit dem er die Stimme jeder beliebigen Person täuschend echt imitieren kann. Als Shin’ichis Sandkastenfreundin Ran Mōri auf der Suche nach ihm den Professor besucht, fällt ihr sofort der kleine, unbekannte Junge auf. Damit Ran nicht erkennt, dass der kleine Shin’ichi als Kind erstaunlich ähnlich sieht, nimmt er die Brille seines Vaters, um sich provisorisch zu tarnen. Um seine wahre Identität geheim zu halten, ist Shin’ichi gezwungen, sich spontan einen neuen Namen auszudenken. Beim Anblick zweier Krimis nennt er sich Conan Edogawa – nach dem britischen Schriftsteller Arthur Conan Doyle und dem japanischen Krimiautor Rampo Edogawa. Ran, der nach und nach schließlich doch eine Ähnlichkeit mit ihrem vermissten Freund auffällt, erklärt er, er sei ein entfernter Verwandter Shin’ichis und habe in der Vergangenheit viel Zeit mit ihm verbracht. Conan zieht zu Ran und ihrem Vater, dem erfolglosen Privatdetektiv Kogorō Mōri, in der Hoffnung, mehr Informationen über die „Männer in Schwarz“, ihre Organisation und das Gift zu bekommen. Sein Ziel ist die Zerschlagung der Organisation und das Erlangen alter Größe durch ein Gegengift. Von nun an bemüht er sich, Mōri bei der Lösung von dessen Fällen unauffällig zu unterstützen – oder die Rätsel am besten gleich selbst zu knacken, allerdings ohne seine wahre Identität zu verraten. Dies gestaltet sich jedoch meistens schwieriger, als es auf den ersten Blick erscheinen mag. Oft muss er Ran, die hin und wieder Verdacht schöpft, belügen, um sein Geheimnis zu wahren und sowohl sie als auch sich selbst vor der Organisation zu schützen. Da beide jedoch ineinander verliebt sind und Ran ihn schmerzlich vermisst, ist es nicht immer einfach für ihn, seine wahre Identität vor ihr geheim zu halten. Außerdem muss er sich seinem äußerlichen Alter entsprechend wie ein kleines Kind verhalten und zu seinem Leidwesen auch wieder die japanische Grundschule besuchen. Dort gründet er unfreiwillig mit seinen Mitschülern Ayumi Yoshida, Genta Kojima und Mitsuhiko Tsuburaya die Detective Boys, mit denen er nicht selten auch knifflige Fälle löst, wo jedoch überwiegend nur er sinnvoll kombiniert. Im Laufe der Handlung bekommt Conan Hilfe von Shiho Miyano, genannt Sherry, die das Gift entwickelte und nach dem Mord an ihrer Schwester durch die Organisation die Mitarbeit in der Organisation verweigert. Um der Strafe zu entgehen, nahm sie ihr eigenes Gift, mit dem Vorhaben sich selbst zu töten, musste jedoch zu ihrer eigenen Verwunderung feststellen, dass es sie schrumpfte und nicht tötete. Unter dem Decknamen Ai Haibara wohnt sie seither bei Professor Agasa, besucht Conans Klasse und wird Mitglied der Detective Boys. Auch der Schülerdetektiv Heiji Hattori aus Osaka kommt hinter Shin’ichis Geheimnis, behält dies aber für sich, da beide gute Freunde werden. Des Weiteren wissen auch Shin’ichis Eltern, Yūsaku und Yukiko Kudō, von seiner neuen Identität. Beide leben in Los Angeles und wollen ihren Sohn gerne überreden, mit ihnen in die USA zu kommen und das Zerschlagen der Organisation der Polizei zu überlassen. Shin’ichi lehnt jedoch ab, da er diesen Fall selbst lösen und bei Ran bleiben will. Im Laufe der Zeit gelingt es Conan nach und nach, einige Geheimnisse der Organisation aufzudecken, doch der große Schlag gegen sie bleibt ihm noch verwehrt. Dazu macht er Bekanntschaft mit Vertretern des FBI, der CIA und der Japanischen Sicherheitspolizei, die ebenfalls gegen die Organisation ermitteln. Zu bestimmten Zeitpunkten schafft es Conan jedoch, sich durch Prototypen des Gegengifts für eine kurze Zeit in Shin’ichi zurückzuverwandeln, fast immer mit Ais Hilfe oder nur durch Zufall. Dies dient meistens dazu, Rans Verdacht zu zerstreuen oder unfreiwillig einen Fall zu lösen. Ein großer Teil der Handlung spielt im fiktiven Stadtviertel „Beikachō“ (米花町, angelehnt an Baker Street, in der Sherlock Holmes lebt) in Tokio, der Hauptstadt Japans. Im Rahmen verschiedener Ausflüge, Veranstaltungen oder Urlaube wird sie jedoch oft nach Osaka, Hokkaidō oder in andere Präfekturen Japans verlegt. Auch kam es schon zu Fällen in den verschiedensten Verkehrsmitteln wie Schiffen, Flugzeugen oder dem Shinkansen. Zweimal spielte die Handlung bereits außerhalb von Japan, einmal in New York (Band 35) und einmal in London (Band 71/72). In einer Rückblende wird ein Treffen auf der Vauxhall Bridge gezeigt, wobei Mary hierbei das Gift eingeflößt wurde (Band 99). Im 23. Kinofilm ist Conan mit Kaito Kid (als Shinichi verkleidet) in Singapur, u. a. im Merlion Park.
Ausführlichere Inhaltsangabe aus
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